Il trasporto marittimo rappresenta il 40% del trasporto delle merci intracomunitario. La struttura dei costi di questo settore è simile a quello del trasporto stradale: elevati costi variabili e costi fissi relativamente bassi. Le merci trasportate via nave sono principalmente quelle con un basso valore aggiunto e di elevata densità, che possono essere facilmente caricati e scaricati con mezzi meccanici come le gru. Il trasporto di merci via mare è relativamente poco costoso rispetto alle alternative, ma richiede tempi lunghi, l’accessibilità è limitata e l’affidabilità non è elevata, in quanto i tempi di consegna dipendono molto dalle condizioni meteorologiche e dai problemi che si verificano nelle strutture portuali.
Inoltre un problema per il mercato interno della navigazione è costituito dalle diverse regolamentazioni nazionali : infatti i viaggi in mare da uno Stato membro all’altro sono considerati viaggi esterni e questo impedisce all’UE di ottimizzare la regolamentazione del traffico interno e integrare il trasporto marittimo. I porti dovrebbero essere sviluppati e potenziati, in modo da aumentarne le capacità di stoccaggio. L’UE si sta adoperando per creare uno spazio marittimo comune e si è fissato l’obiettivo di eliminare gli ostacoli agli scambi interni. L’UE intende inoltre fissare una regolamentazione in materia di protezione sociale, tutela dell’ambiente e sicurezza (disincentivando le emissioni inquinanti prodotte dalla navigazione) e la promozione delle infrastrutture e delle attività.