La struttura dei costi è caratterizzata da costi fissi relativamente bassi e dei costi variabili molto più elevati, relativi a carburante, manodopera, tariffe aeroportuali ecc… I costi fissi invece sono relativi ai costi di ammortamento della flotta aerea. È possibile realizzare rilevanti economie di scala nel settore.
Il trasporto aereo vede nella sua velocità e alti standard qualitativi e di sicurezza i suoi punti di forza, mentre gli elevati costi medi e la limitata accessibilità costituiscono gli svantaggi.
I problemi dello sviluppo del trasporto aereo riguardano innanzitutto la capacità degli aeroporti, che dovrebbero essere ampliati. Inoltre si necessita di una serie di riforme gestionali nel settore e convincere gli Stati membri dell’importanza di regole comuni concernenti standard di sicurezza, di qualità e di sostenibilità ambientale.
Cosi come per le altre modalità di trasporto, anche per il trasporto aereo si cerca di creare un cielo unico europeo. Tuttavia vi sono ostacoli rappresentati dalla frammentazione del sistema tecnologico di controllo e dalla presenza di zone militari non sorvolabili, che possono aumentare i tempi e i costi dei voli. In risposta, l’UE intende creare un cielo unico europeo con un limitato numero di blocchi funzionali che sono basati su requisiti operativi che prescindono dai confini esistenti, dietro il presupposto di una maggiore compatibilità tecnica e tecnologica.